Chaque structure départementale a son financement propre qui est assuré selon les cas par :
- Le Conseil Départemental,
- Une participation des communes au prorata des surfaces et du type de cultures protégées,
- Les Chambres d’Agriculture, les Assurances, des Syndicats agricoles, des ODG ….
- Des sociétés privées (Airbus, ...)
Les adhérents institutionnels contribuent au fonctionnement de l’ANELFA par :
- Le versement de charges fixes (Cotisation annuelle et Participation aux charges communes calculée en fonction du nombre de postes en service dans le département),
- Le versement de charges variables, couvrant la fourniture de solution et de matériel.